После проведенных ремонтных работ на водозаборных скважинах необходимо провести дезинфекцию их надводной и подводной части. Очищение фильтровых труб от механического, химического и биологического отложения может осуществляться по различным методикам. При образовании илового осадка в горизонтальных и инфильтрационных водозаборных скважинах рекомендуется производить промывание их высоконапорными струями воды через специальные смотровые колодцы.Эксплуатация каптажей состоит в поддержании в исправном состоянии входов в водоприемные камеры, вентиляции, водоподводные трубы, сеток, которые исключают попадание насекомых и земноводных в камеры, а также всех строительных конструкций. Камеру каптажа следует в определенные сроки хорошо промывать и тщательно дезинфицировать. Промывание и дезинфикацию камер, как и иную профессиональную работу, к примеру, изготовление деревянных поддонов , должны проводить только специалисты.
При эксплуатации любого водозаборного сооружения для захвата подземных вод нужно обращать внимание на наличие областей санитарной охраны и предусматривать меры, которые предотвращают попадание загрязнений как в водозаборное сооружение, так и в водный источник.
Главными причинами, которые чаще всего вызывают выход скважин водозаборов из строя или некоторого уменьшения их водоподачи, являются загрязнение фильтров водными породами из используемых водоносных пластов, биологическое зарастание поверхности водоочистительных фильтров, а также заиливание грунтов на дне водоема.
