Несмотря на периодическое охлаждение и очистку циркулирующей воды, в ней с течением времени размножаются гнилостные микроорганизмы, вызывающие снижение производительности системы вследствие забивания трубопроводов, арматуры и теплообменников, а также отрицательно действующие на здоровье рабочего персонала. Для борьбы с ними обычно применяют сульфат алюминия в качестве коагулянта и полиакриламид как антисептик.
Ученые столичного Института эколого-технологических проблем разработали и внедрили на ряде объектов более эффективные бактерициды Биопаг и Фосфопаг класса полиалкиленгуанидинов. Они позволяют обеспечить полное обеззараживание циркулирующей в оборотной системе воды уже через 1 час, исключить применение полиакриламида и в 2-3 раза снизить использование сульфата алюминия. Новинка уже успешно применяется на ряде подмосковных предприятий.